我在农村上了合作医疗，现在准备去一家公司上班。公司会为员工购买社会保险，一共是五险，养老、医疗、工商、生育、失业。

如果相互冲突的话是要把账户停了、注销后再办，还是说停交一份，另一份会打入这个账户呢？

1、农村合作医疗和社会保险中的医疗保险是有冲突的，不能同意享受这两项待遇。所以，没有必要同时参加。
2、建议注销掉合作医疗，只参加职工医疗保险。农村合作医疗每年交费一次，不产生个人账户余额，所以不存在转移费用的问题。
3、如果你参加了农村养老保险，也与社会保险中的养老保险相冲突。建议停止交纳农村养老保险。
至于农村养老保险已交纳的份额转移问题，可到当地的社会保险经办机构（人社局）去详细咨询。据我所知，现在国家还没有相关的法律来处理这个问题。